1. Universitas Indonesia (UI)

UI memiliki jalur mandiri yaitu SIMAK UI yang saat ini sudah membebaskan uang pangkal bagi mahasiswa jalur seleksi mandiri. Mahasiswa jalur mandiri dikenakan biaya kuliah yang sama dengan mahasiswa yang masuk jalur seleksi nasional.

2. Universitas Gadjah Mada (UGM)

UGM menerapkan Sumbangan Solidaritas Pendidikan Unggul (SSPU) untuk jalur mandiri. Namun, tidak semua mahasiswa jalur mandiri dikenakan biaya SSPU.

3. Universitas Sriwijaya (UNSRI)

Mahasiswa baru jenjang sarjana dan diploma Unsri jalur ujian saringan masuk bersama (USMB) hanya akan dikenakan biaya UKT tanpa uang pangkal.

4. Universitas Terbuka (UT)

UT tak memiliki uang pangkal di jalur mandiri. Karena sistem kuliahnya merupakan jarak jauh, maka di UT pembayarannya menggunakan Sistem Paket Semester (SIPAS) yang terintegrasi dengan materi kuliah.

5. Institut Teknologi Sepuluh Nopember (ITS)

ITS juga membebankan mahasiswa dengan biaya uang pangkal jalur mandiri, namun hanya berlaku di jalur seleksi prestasi.

6. Seluruh Kampus PTKIN

Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri (PTKIN) tidak menerapkan uang pangkal di jalur mandiri